La Fédération nationale des chasseurs vient de rendre publics les génomes de référence de la bécassine des marais et de la sarcelle d’hiver, deux espèces particulièrement emblématiques pour les chasseurs de migrateurs. Fruit de plusieurs années de travail avec le CEA-Genoscope d’Évry, cette avancée dépasse largement le petit monde cynégétique : les données sont désormais accessibles aux chercheurs du monde entier et rejoignent l’immense chantier international consacré au séquençage de la biodiversité.
Plusieurs années pour reconstituer un génome
On connaît les comptages, le baguage, les balises GPS ou encore les déclarations de prélèvements. La Fédération nationale des chasseurs explore désormais un autre territoire, infiniment plus petit mais porteur d’une quantité considérable d’informations : l’ADN. Ce mercredi 23 septembre, la FNC a annoncé la publication des génomes de référence de deux espèces chassables bien connues des chasseurs français : la sarcelle d’hiver, Anas crecca, et la bécassine des marais, Gallinago gallinago. Parler de « publier le génome » d’un animal peut paraître abstrait. Le principe consiste pourtant, très schématiquement, à fabriquer une immense carte de référence de son patrimoine génétique. À partir d’échantillons biologiques, l’ADN est séquencé en une multitude de fragments. Les chercheurs doivent ensuite assembler ces séquences et déterminer leur position afin de reconstruire le plus fidèlement possible les chromosomes de l’espèce. Un travail qui ressemble à un gigantesque puzzle dont les pièces sont constituées par les bases formant l’ADN. Pour réaliser cette opération, la FNC travaille depuis plusieurs années avec le Genoscope, laboratoire du Commissariat à l’énergie atomique et aux énergies alternatives spécialisé dans le séquençage et l’analyse des génomes. Pour la sarcelle d’hiver, les bases scientifiques internationales recensent notamment le projet bAnaCre3 conduit par le Genoscope et financé par la Fédération nationale des chasseurs. Il comporte une séquence assemblée jusqu’à l’échelle chromosomique.
Une carte de référence pour aller beaucoup plus loin
Posséder le génome de référence d’une espèce ne signifie évidemment pas que l’on connaît désormais tout d’elle. C’est plutôt disposer d’une sorte de carte sur laquelle les chercheurs pourront ensuite venir positionner et comparer les informations recueillies sur différents individus. À partir d’échantillons provenant de plusieurs oiseaux, il devient par exemple possible d’étudier leur diversité génétique, de rechercher des différences entre populations, de retracer leur histoire démographique ou encore de repérer les conséquences génétiques d’un isolement. Ces outils peuvent également permettre d’étudier la manière dont les populations s’adaptent aux modifications de leur environnement. C’est justement l’un des grands intérêts de la génomique de conservation : apporter des informations impossibles à obtenir par la seule observation des animaux. Pour des espèces migratrices capables de parcourir des milliers de kilomètres et dont les populations se mélangent au fil des saisons, l’outil prend une dimension toute particulière.
Des données offertes à tous les chercheurs
Autre élément important de cette annonce : les données ne restent pas enfermées dans les ordinateurs de la Fédération nationale des chasseurs. Elles sont déposées dans l’European Nucleotide Archive, l’une des grandes banques internationales de séquences génétiques. L’ENA, gérée par l’EMBL-EBI, conserve aussi bien les données brutes issues du séquençage que les génomes assemblés et leurs annotations. Elle les met librement à disposition de la communauté scientifique. Autrement dit, un chercheur français, américain, japonais ou australien travaillant demain sur la sarcelle d’hiver ou la bécassine pourra exploiter les données produites dans le cadre du programme financé et porté par la chasse française.
HUNTomics dépasse largement deux oiseaux
La sarcelle et la bécassine ne sont d’ailleurs que deux pièces d’un projet beaucoup plus vaste. Le programme HUNTomics, piloté par la FNC, vise à produire des génomes de référence et des données génomiques pour plusieurs espèces chassables françaises. Son enregistrement international, sous l’identifiant PRJEB86906, mentionne déjà différents projets consacrés notamment à la bécasse des bois, la bécassine sourde, le vanneau huppé, le merle noir ainsi qu’à plusieurs espèces de grives. La base internationale recense déjà plusieurs assemblages génomiques issus du programme et plus de 1 500 milliards de bases de données de séquençage associées à HUNTomics. Le programme ne consiste donc pas simplement à séquencer ponctuellement deux oiseaux pour réaliser une opération de communication. La FNC construit progressivement une véritable bibliothèque génétique des espèces chassables.
Les chasseurs dans un projet scientifique mondial
Une étape supplémentaire a été franchie en 2026. Depuis le mois de mai, HUNTomics fait officiellement partie des projets associés à l’Earth BioGenome Project. Et là, on change encore d’échelle. L’Earth BioGenome Project est l’un des projets scientifiques les plus ambitieux jamais lancés dans le domaine de la biodiversité. Son objectif à terme est de séquencer, cataloguer et caractériser les génomes de l’ensemble des espèces eucaryotes connues sur Terre, soit environ 1,5 million d’espèces selon sa feuille de route. Il rassemble de grands programmes de séquençage internationaux et entend constituer une gigantesque bibliothèque génétique du vivant utilisable notamment pour la recherche sur l’évolution, l’adaptation des espèces, les maladies émergentes ou la conservation de la biodiversité. HUNTomics figure désormais officiellement dans ce réseau mondial sous le nom « genomics of huntable species in France ». La traduction est assez limpide : génomique des espèces chassables en France.
Du terrain au laboratoire
Cette reconnaissance illustre aussi une évolution profonde de la contribution des chasseurs à la connaissance scientifique. Car avant le séquenceur et les puissants ordinateurs nécessaires à l’assemblage d’un génome, il faut d’abord disposer d’échantillons biologiques correctement prélevés, identifiés et documentés. Or les quelque 900 000 chasseurs français et le réseau des Fédérations disposent d’un accès au terrain et aux espèces sauvages particulièrement précieux pour les scientifiques. C’est déjà cette présence quotidienne dans les territoires qui permet aux chasseurs de participer aux comptages, aux opérations de baguage, aux suivis sanitaires ou à la récupération d’échantillons. La génomique ajoute désormais une nouvelle dimension à toutes ces données. Elle ne remplace ni l’observation, ni le baguage, ni les suivis migratoires. Elle permet de les compléter par des informations contenues directement dans le patrimoine génétique des animaux.
Une contribution qui restera disponible
C’est probablement là que réside l’intérêt le plus durable de cette publication. Un génome de référence correctement assemblé aujourd’hui pourra encore servir dans dix, vingt ou trente ans à des recherches dont certaines n’ont même pas encore été imaginées. Les données de la sarcelle d’hiver et de la bécassine des marais sont désormais archivées dans des infrastructures scientifiques internationales et accessibles aux chercheurs. Les chasseurs français ne se contentent donc pas, cette fois, de financer une étude dont les résultats finiront éventuellement dans un rapport. Ils contribuent à construire une partie de la bibliothèque génétique mondiale du vivant. Et lorsque demain des chercheurs utiliseront ces génomes pour mieux comprendre l’évolution, les déplacements ou l’adaptation de ces deux oiseaux aux changements de leur environnement, une partie des données sur lesquelles ils travailleront aura été apportée par le monde de la chasse.
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